Индексация, индекс – конечно же мы имеем ввиду индексацию именно в поисковиках. Просто индексация происходит везде. И в локальном поиске сайта, и в тех же каталожных системах. Да в голове человека, надо полагать, происходит тот же самый процесс. А вообще, конечно, значений слова индексация просто огромно.
Вот что пишет Википедия:
Индексирование в поисковых системах — процесс добавления информации (о сайте) поисковой машиной в поисковую базу, впоследствии использующуюся для поиска информации на сайтах.
В информацию о сайте, чаще всего, входят ключевые слова (алгоритм определения ключевых слов зависит от поисковой системы).